Первые сведения об органах ЗАГС на территории Горного Алтая относятся к 1920 г., когда при волостных исполнительных комитетах были созданы подотделы записи актов гражданского состояния, которые работали параллельно с приходскими храмами. Уже через год на основании циркулярного письма Горно-Алтайского уездного революционного комитета от 24 мая 1921 г. в волостях с населением свыше 15 тыс. жителей вместо подотделов для записи актов гражданского состояния была введена должность особого делопроизводителя.

В 1930-е годы органы ЗАГС приобретают особый статус. 22 февраля 1933 г. решением Ойротского облисполкома во всех районах области, кроме Улаганского, были созданы отделы ЗАГС. В феврале 1934 г. органы ЗАГС были переданы в ведение НКВД, а в 1956 г. перешли в подчинение сельских Советов.

Решением № 282 от 30 сентября 1991 г. в структуре Горно-Алтайского облисполкома был создан отдел ЗАГС, который стал организационно-методическим центром для районных и городского отделов ЗАГС.

Постановлением Правительства Республики Алтай № 256 от 30 декабря 2005 г. Государственная служба ЗАГС Республики Алтай преобразована в Комитет по делам ЗАГС. Указом Главы Республики Алтай, Председателя Правительства Республики Алтай от 22 октября 2014 г. № 272-у произошло слияние ведомства с архивной службой, был образован Комитет по делам ЗАГС и архивов Республики Алтай.